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自秦始皇三十三年（前214年）设置番禺县后，钟落潭一直属番禺县管辖。

清代，钟落潭地区属慕德里司流溪都赤迳堡管辖。

民国时，钟落潭为番禺县第七区所在地。

中华人民共和国后，钟落潭先属禺北办事处管辖，后为番禺县第八区。

1958年1月，禺北地区划归广州市，成为广州郊区的一部分。

1958年8月，成立钟落潭人民公社。

1987年，改为钟落潭镇。

钟落潭镇隶属广东省广州市白云区，位于白云区东北部，北部以流溪河为界，东北部与花都区花东镇相望，东部与黄埔区九龙镇相邻，西部、西南部分别与人和镇、太和镇毗邻。

2020年7月，全国爱卫会决定命名钟落潭镇为2017-2019周期国家卫生乡镇。

2020年12月9日，获评2018至2020年度“广东省文明村镇”。

2021年9月，入选“2021年全国千强镇“。